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Text File  |  1995-03-04  |  3.8 KB  |  83 lines
  1. ***********************
  2. * Lipocalin signature *
  3. ***********************
  4.  
  5. Proteins which transport small hydrophobic molecules such as steroids, bilins,
  6. retinoids and  lipids  have been shown [1 to 5] to  share  limited  regions of
  7. sequence   homology  as  well   as  a   probable   common  tertiary  structure
  8. architecture.   This  structure  consists of two  sets of   four  antiparallel
  9. beta-strands   arranged  in two  orthogonally stranded  beta-sheets.  The name
  10. 'lipocalin' has  been  proposed [4] for this protein family. Proteins known to
  11. belong to  this  family  are  listed  below  (references are only provided for
  12. recently determined sequences).
  13.  
  14.  - Alpha-1-microglobulin (protein HC), which seems to bind porphyrin.
  15.  - Alpha-1-acid glycoprotein (orosomucoid), which can bind progesterone.
  16.  - Aphrodisin which, in hamsters, functions as an aphrodisiac pheromone.
  17.  - Apolipoprotein D, which probably binds bilin [6].
  18.  - Beta-lactoglobulin, a milk protein whose  physiological function appears to
  19.    bind retinol.
  20.  - Complement component C8 gamma chain, which seems to bind retinol [7].
  21.  - Crustacyanin [8], a protein from lobster carapace, which binds astaxanthin,
  22.    a carotenoid.
  23.  - Epididymal-retinoic  acid  binding  protein  (E-RABP) [9] involved in sperm
  24.    maturation.
  25.  - Insectacyanin, a moth bilin-binding protein, and a related butterfly bilin-
  26.    binding protein (BBP).
  27.  - Odorant-binding protein (OBP), which binds odorants.
  28.  - Plasma retinol-binding proteins (PRBP).
  29.  - Human pregnancy-associated endometrial alpha-2 globulin.
  30.  - Probasin (PB), a rat prostatic protein.
  31.  - Prostaglandin D synthase (EC 5.3.99.2) (GSH-independent PGD synthetase),  a
  32.    lipocalin with enzymatic activity [5].
  33.  - Purpurin, a retinal protein which binds retinol and heparin.
  34.  - Quiescence specific protein p20K from chicken (embryo CH21 protein).
  35.  - Rodent urinary proteins (alpha-2-microglobulin), which may bind pheromones.
  36.  - Neutrophil  gelatinase-associated  lipocalin (NGAL)  (p25)  (SV-40  induced
  37.    24p3 protein).
  38.  - Von  Ebner's  gland  protein  (VEGP)  [10]  (also called tear lipocalin), a
  39.    mammalian protein  which may be involved in taste recognition.
  40.  - A frog olfactory protein, which may transport odorants.
  41.  - Lizard's  epididymal  secretory protein IV (LESP IV), which could transport
  42.    small hydrophobic   molecules   into  the  epididymal  fluid  during  sperm
  43.    maturation.
  44.  
  45. There are  two small conserved stretches of residues in all these proteins. We
  46. built a  signature  pattern  around the first which occurs near the end of the
  47. first beta-barrel.
  48.  
  49. -Consensus pattern: [DENG]-x-[DENQGSTARK]-x(0,2)-[DENQARK]-[LIVFY]-{CP}-G-{C}-
  50.                     W-[FYWLRH]-x-[LIVMTA]
  51. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  52.  for rodent alpha-1-acid glycoproteins, kangaroo beta-lactoglobulin, VEGP  and
  53.  LESP IV.
  54. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 37.
  55.  
  56. -Expert(s) to contact by email: Peitsch M.C.
  57.                                 mcp13936@ggr.co.uk
  58.                                 Boguski M.S.
  59.                                 boguski@ncbi.nlm.nih.gov
  60.  
  61. -Last update: June 1994 / Text revised.
  62.  
  63. [ 1] Godovac-Zimmermann J.
  64.      Trends Biochem. Sci. 13:64-66(1988).
  65. [ 2] Ali S., Clark A.J.
  66.      J. Mol. Biol. 199:415-426(1988).
  67. [ 3] Sawyer L.
  68.      Nature 327:659-659(1987).
  69. [ 4] Pervaiz S., Brew K.
  70.      FASEB J. 1:209-214(1987).
  71. [ 5] Peitsch M.C., Boguski M.S.
  72.      Trends Biochem. Sci. 16:363-363(1991).
  73. [ 6] Peitsch M.C., Boguski M.S.
  74.      New Biol. 2:197-206(1990).
  75. [ 7] Haefliger J.-A., Peitsch M.C., Jenne D., Tschopp J.
  76.      Mol. Immunol. 28:123-131(1991).
  77. [ 8] Keen J.N., Caceres I., Eliopoulos E.E., Zagalsky P.F., Findlay J.B.C.
  78.      Eur. J. Biochem. 197:407-417(1991).
  79. [ 9] Newcomer M.E.
  80.      Structure 1:7-18(1993).
  81. [10] Schmale H., Holtgreve-Greze H., Christiansen H.
  82.      Nature 343:366-369(1990).
  83.